Razvoj in obnavljanje medicinske doktrine, priprava standardov in nadzor nad izvajanjem sprejetih standardov. Iniciacija in vodenje multicentričnih kliničnih raziskav in znanstveno raziskovalnih projektov, priprava tematskih programov za srečanje pnevmologov na slovenskih ali mednarodnih srečanjih.

Vodje komisij so širši člani upravnega odbora in poročajo o delu komisij na sestankih UO in na srečanjih združenja. Vsak član združenja se lahko pridruži delu katerekoli komisije. Obvestila o sestankih posameznih komisij bodo objavljena na spletni strani združenja in so praviloma odprtega tipa.